南京市中醫(yī)院，是南京中醫(yī)藥大學(xué)第三附屬醫(yī)院，亦為南京肛腸病醫(yī)院、南京市紅十字中醫(yī)醫(yī)院。前身經(jīng)歷南京警察廳醫(yī)務(wù)所、公安醫(yī)院、直屬醫(yī)院等變遷，1956年正式組建并更名為南京市中醫(yī)院。她座落在聞名海內(nèi)外的夫子廟秦淮河畔，是一所集醫(yī)療、預(yù)防、科研、教學(xué)、保健、康復(fù)為一體和設(shè)備先進(jìn)、技術(shù)雄厚、專科齊全、管理有序的三級甲等綜合性中醫(yī)醫(yī)院。
　　醫(yī)院開放床位達(dá)到600余張，醫(yī)院現(xiàn)有高級衛(wèi)技人員150余人，全國名中醫(yī)藥專家?guī)煶兄笇?dǎo)老師6人，省級名醫(yī)11人，省級名中西醫(yī)結(jié)合專家4人，南京市名中醫(yī)、名中西醫(yī)結(jié)合專家29人。教授、副教授、講師160余人，博士、碩士導(dǎo)師20余人。
　　醫(yī)院臨床科室設(shè)置齊全，重點科室技術(shù)特色顯著，現(xiàn)有國家級重點專科及學(xué)科2個：全國肛腸醫(yī)療中心、腦科；國家級重點專病1個：婦科的更年期綜合征；省級重點中醫(yī)專科6個：肛腸科、骨傷科、針灸科、腦血管病科、婦科、腫瘤科；市級重點中醫(yī)專科7個：老年科、養(yǎng)生康復(fù)中心、急診科、消化科、腫瘤科、腎臟科、心臟科、內(nèi)分泌科，醫(yī)院并設(shè)有中醫(yī)藥研究所和結(jié)直腸病研究所。
　　醫(yī)院已經(jīng)成為國家藥物臨床試驗機構(gòu)、南京中醫(yī)藥大學(xué)國際中醫(yī)藥教育實習(xí)培訓(xùn)基地、南京中醫(yī)藥大學(xué)國際針灸培訓(xùn)中心臨床基地。現(xiàn)為中華中醫(yī)藥學(xué)會肛腸分會、江蘇省中醫(yī)腦病專業(yè)委員會、江蘇省中醫(yī)兒科專業(yè)委員會、南京中醫(yī)藥學(xué)會、南京針灸學(xué)會的掛靠單位。